Green City wurde 1990 unter dem Namen „München 2000 autofrei“ gegründet, mit dem Ziel einer Senkung des KFZ-Verkehrs um 80%. Dazu wurde als erste Aktion ein Busshuttle zur Waldwirtschaft eingerichtet. Im Jahr 1992 wurde das älteste Projekt gestartet: die Wanderbaumallee. Noch heute ziehen die Bäume auf Rollwagen durch die Stadt und sorgen für mehr Begrünung in tristen und grauen Gegenden.

Im Jahr 1995 wurde klar, dass München bis zur Jahrtausendwende nicht autofrei wird. Der Verein wird in Green City umbenannt. In den folgenden Jahren organisierten wir regelmäßig autofreie Tage, begrünten die Stadt und arbeiteten an Projekten zur Agenda 21. Herausstechend war 1996 das Volksbegehren gegen die Tunnelprojekte, das nur knapp verloren wurde.

1998 kamen die ersten hauptamtlichen Mitarbeiter zum Verein. Damit begann der Verein kontinuierlich zu wachsen, größere Projekte wurden in Angriff genommen, immer mehr Festangestellte kamen hinzu. Mit dem „Münchner Solardach“ wurde 1998 die erste Bürgerbeteiligungsanlage in Betrieb genommen, die erste Blade Night startete 1999. Seit 2001 wird jedes Jahr das Streetlife-Festival durchgeführt.

Mit dem folgenden Wachstum wurde die Gründung von Tochtergesellschaften sinnvoll. Die großen Projekte Blade Night und Streetlife-Festival werden seit 2003 von der neu gegründeten Green City Projekt GmbH durchgeführt, Energie- und Bürgerbeteiligungsprojekte wanderten 2005 zur Green City Energy GmbH.

Seit 2004 entwickelte sich die Umweltbildung zu einem immer wichtiger werdenden Bereich bei Green City e.V. Als regelmäßige Projekte etablierten sich hier seit 2004 der Bus mit Füßen und das 2005 entwickelte Mobi-Race.

Inzwischen werden im Verein jedes Jahr rund 20 Projekte von mehr als zehn fest Angestellten und der Unterstützung von zahlreichen Ehrenamtlichen durchgeführt. Im Folgenden sind die wichtigsten Stationen von Green City chronologisch aufgeführt.